1950年，兼任辅仁大学化学系主任（至1952年）。

1951年，首先提出并进行蝎毒素中多肽成分的研究，并同时开展氨基酸端基标记和接肽方法的研究。

1951年，首先提出并进行蝎毒素中多肽成分的研究，但是由于各种原因，这项研究未能正常开展，事后证明，这个计划比国外同行早15年。

1952年，中国高等院校1952年院系调整后，邢其毅出任北京大学化学系有机化学教研室主任。

1953年，加入中国民主同盟。

1962年，被聘为国家科学技术委员会委员和中国科学院上海有机化学研究所学术委员会委员。

1978年，当选为中国化学会第二十届至二十二届理事会理事，并兼任化学教育委员会主任委员和青年化学奖评审委员会委员。

1980年，当选为中国科学院学部委员（院士）。

1982年，被聘为中国科学院上海药物研究所学术委员会委员。

1984年，被聘为北京市人民政府第二届专业组顾问。

1986年，当选为中国国际文化交流中心理事会理事。

2002年11月4日20时25分，因病医治无效，逝世于北京，享年91岁。

早年研究

邢其毅早年在美国完成了联苯立体化学博士论文，后在德国完成了芦竹碱合成与结构测定方面的工作，该化合物后在有机合成上得到广泛应用。回国后，在中央研究院工作时，在庄长恭领导下开展防己生物碱的研究，从中分离出了一种新的生物碱，命名为防己诺林碱，并做完了它的全部结构测定研究，这是中国在生物碱研究方面较早和较完整的一项研究成果。回国后的第一篇论文就是关于云南河口地区金鸡纳树皮的成分分析研究的报告。抗日战争期间，在华中军医大学完成一简便测定不饱和脂肪酸的方法和云南抗疟植物的研究。

多肽化学研究

邢其毅是中国进行接肽方法和标记氨基酸研究的第一人。他提出用硝基苯甲酸酐与氨基酸发生德肯－威斯特（Dakin－West）反应使氨基酸末端生成一个带色的氨基酮化合物，这是一个识别氨基酸羧端的好方法。在多年的多肽化学研究中，邢其毅和他的助手们还合成了九种多肽的新试剂，并因此获得了国家教委1988年科技进步二等奖。

人工合成牛胰岛素

1958年，中国的几位有机化学家和生物化学家在北京讨论了胰岛素人工合成的可能性问题，邢其毅就是其中之一。他们认为胰岛素人工合成中最关键的问题之一，是对含半胱氨酸片断的接肽方法和端基保护问题。随后，邢其毅等就开展了含半胱氨酸小肽的合成研究。

1959年，在国家科委的组织领导下，由北京大学化学系、中国科学院生物化学研究所和上海有机化学研究所等共同组成一个统一的研究队伍，开始胰岛素合成研究，邢其毅是这个研究集体的学术领导者之一。

1965年，经过数年的共同努力，人类第一个用人工合成方法得到的活性蛋白质——结晶牛胰岛素合成成功，它标志着中国科学家在蛋白质和多肽合成化学领域已经处于世界领先地位。为此，1982年国家特发给邢其毅等国家自然科学一等奖。

氯霉素的新合成法

1956年，邢其毅和戴乾圜等在研究普林斯（Prins）反应的立体化学过程中，设计了一条新的、从容易得到的工业原料苯乙烯开始合成氯霉素的方法。这个新合成法不但在理论上很好地解决了氯霉素的立体化学问题，而且适合进行大规模生产，整个合成只有五步反应，中间生成物全都是液体，这为生产过程中的管道化输送和连续生产创造了有利条件。遗憾的是，这个新合成法当时由于各种原因未能首先在中国实现工业化。在事隔11年后的1968年，意大利的卡洛·埃巴公司采用了与此完全相同的方法建成一个年产400吨的氯霉素生产工厂。但是，氯霉素的新合成法，是中国科学家创立的，为此，该项研究成果获得1978年的全国科技大会奖。

天然产物和中药成分的研究

邢其毅注意到中国各种新鲜花果香气成分的研究还是一块“处女地”，于是他和他的同事们自己设计了一个提取装置，到花果产地当场收集它们的“香气”，1978年他们首次完成了白兰花头香成分的全分析。对西藏扎布耶盐湖杜氏藻的香气成分进行了研究，这些研究成果在中国国内开创了花果头香成分研究的先例。随后，他们又对玫瑰、荔枝等一系列具有中国特色的花果头香进行了系统的研究，其中有的成果已被有关企业生产部门所采用。

邢其毅还对中药有效成分进行研究，他还特别注意到中国的大部分草药都是使用水煎剂，因此他多次提出开展中药水溶性成分的研究。他选择中国人参作为研究对象，经过几年坚持不懈的努力，分离出了几种水溶性小肽成分，并研究了它们的化学结构和生理活性，为此他得到国家教委科技进步一等奖。

有机反应与合成药物的研究

20世纪50年代初，邢其毅根据当时所能得到的原料和条件，确定研究课题。他找来了几瓶丙烯腈，立即开展麦克尔反应的研究。他先后合成了一系列硫代四氢噻唑环系、含β－5，5二取代乙内酰胺的衍生物和多螺环化合物，其中有些具有生理活性和药理作用。七年以后发现，日本化学家发表了一些完全相同的研究工作。邢其毅及其助手们合成了一系列不同结构类型的稠合七元杂环化合物，发现了一些新的杂环体系，并对这些新的杂环的构象和立体选择性反应等进行了许多深入的研究工作。

Hsing, C. Y., & Chang, K. J. (1939). A New Method for the Cleavage of Unsaturated Fatty Acids. Journal of the American Chemical Society, 61(12), 3589-3589.

Chuang, C. K., Hsing, C. Y., Kao, Y. S., & Chang, K. J. (1939). Untersuchungen über die Alkaloide von Han‐fangchi. Fangchinolin, ein Demethyl‐tetrandrin. Berichte der deutschen chemischen Gesellschaft (A and B Series), 72(3), 519-525.

Hsing, C. Y., & Li, L. T. (1949). The Action of Grignard Reagents on Ethyl Ethylenetetracarboxylate. A General Method for Preparation of Monoalkylated and Monoarylated Succinic Acids. Journal of the American Chemical Society, 71(3), 774-775.

邢其毅, 戴乾圜, 王执中. α-芳基-β-卤乙烯酮类的合成及其反应(2)氯化汞对于乙炔与醯卤加成反应的促进作用[J]. 北京大学学报(自然科学), 1956(4):98-104.

邢其毅, 金声, 李景波. 七元杂环——Ⅰ.2,4-二取代-2,3,4,5-四氢一苯骈(1:5)硫氮杂[J]. 化学学报, 1966, 32(3):49-53.

Chung-hsi, L., Yuen-hwa, Y., Yao, L., Yong-jun, L., Ai-hsueh, C., & Chi-yi, H. (1981). 3-aminoacyl-tetrahydrothiazole-2-thione as an active amide for peptide synthesis (I). Tetrahedron Letters, 22(36), 3467-3470.

邢其毅. 天然有机物合成的艺术性[J]. 化学通报, 1982(9):000004-7.

邢其毅, 王文江, 何大淹. 3-巯基香豆素及其衍生物的研究[J]. 化学学报, 1987, 45(4):30-39.

Ying-Chao, L., Sheng, J., & Qi-Yi, X. (1988). Theoretical conformational analysis of 1, 5-benzodiazepines and benzothiazepines. Journal of Molecular Structure: THEOCHEM, 167(3-4), 253-267.

邢其毅, 金声, 林祖铭, et al. 荔枝香气化学成分的研究[J]. 北京大学学报(自然科学版), 1995, 31(2):159-165.

邱明华, 邢其毅. 具有生理活性的天然有机化合物[J]. 化学进展, 1998(3).

邢其毅. H.C.Brown在世纪末寄给亲友及同行们的贺年信[J]. 化学通报, 2000, 63(2):5.

邢其毅, 徐光宪. 理论环境化学研究的一项重要收获--评[J]. 自然科学进展, 2001, 11(6).

邢其毅对中国高等化学教育中教学与科研的关系、理论和实验的关系、中学教育普及和提高的关系以及公民全面素质教育等问题，都提出过许多看法和建议。他在教学上奉行的格言是“劳则思，逸则罔”。

邢其毅非常强调实验课和基本实验技能的训练。他担任北京大学有机教研室主任几十年，一直重视各类实验课程的设置和实验室的建设，特别是对基础有机化学实验室，从实验设备、实验内容的选择到实验室管理制度的建立他都付出了很多的劳动和心血。他经常带领前来交流的中国国内外客人参观这些实验室，借以促进实验室的建设和强调实验对于理论研究和理论教学的重要性。他还专门著文批驳一些轻视实验、颠倒实践和理论关系的错误观点，并通过分子轨道对称守恒规则的发现过程深刻指出任何科学发现和新理论的创立，都是在大量科学实验基础上完成的。

邢其毅还关心中学教育和对在职自学青年的指导和帮助。他给《中学文库》写书；给中学刊物写文章；给中学教师做报告传授教学经验；给自学青年写信解答他们提出来的各种问题，有时还要给他们寄去必要的书籍和资料，指导他们学习，至于登门求教的人更是经常不断。

邢其毅长期从事化学教育工作，特别注重基础教育，多年主讲《普通有机化学》《有机化学》。他讲课最主要的一个特点是给学生以启迪。在课堂上，他旁征博引，谈古论今，给学生许多丰富知识的同时，在不知不觉之间又给学生们留下了许多耐人深思的问题。这些问题能像磁铁一样把学生“吸住”，使你随着他的思绪去思考和探究。

邢其毅十分重视教材建设。他于20世纪50年代编写的《有机化学》一书是中国第一本自行编著的有机化学教科书，他编著的《有机化学》和《有机化学简明教程》是教育部最早指定的全国高校通用教材。20世纪70年代，他将该书改写，增加了近20年来有机化学的新成就，重新写成《基础有机化学》出版，该书书在1988年被国家教委评为优秀教材。在几十年的教学过程中，邢其毅还根据不同时期和不同教学环节的需要，编写和翻译出版了多种参考教材，如《有机化学简明教程》《共振论的回顾和展望》《有机化学词典》《有机化学的电子理论》和《有机化学基本原理》等。

1980年邢其毅当选为中国科学院学部委员（院士）。

邢其毅先后担任中国化学会理事，中国化学会化学教育专业委员会主任委员，中国化学会青年化学奖评审委员会委员；北京市抗美援朝委员会委员，北京市第五届政治协商会议常委，北京大学校务委员会委员，北京市人民政府第二届专业组顾问，国务院科学规划委员会委员，中华人民共和国科学技术委员会委员，中国科学院上海有机化学研究所学术委员会委员，上海药物研究所学术委员会委员，全国政治协商会议委员会第六、七届委员，中国国际文化交流中心理事，民盟中央科学委员会副主任等职。

邢其毅的父亲邢端是清末翰林，中华人民共和国建立后是国家中央文史馆馆员。

1944年，邢其毅参加新四军之后，他把夫人钱存柔和孩子也都接到新四军中一起做抗日救亡工作。

20世纪60年代初期，邢其毅常因劳累过度而不时发作胃溃疡病，最终施行了切除手术。

邢其毅是一位学术造诣颇深、洞察力敏锐的有机化学家，他为中国有机化学教材建设和课程设置做出了突出贡献。（科普中国评）

邢其毅一生在教学和科研方面建树很多，在化学界久享盛名。在北京大学，邢其毅先生是一位深受同事和学生尊重的教授。他的业务功底深厚,讲课时概念清楚、准确，思想活跃，语言风趣，具有极大的吸引力。（《大学化学》评）

邢其毅是一个非常成功的教师，编写教材多种，享有一定的声誉。他讲课时，旁征博引，深受学生欢迎。（求是科技基金会评）