1877年（明治10年）美国人莫斯调查大森贝冢，首次在日本引起注意，从此开始日本文化的研究。贝冢是海岸附近部落的垃圾场，也有在湖泊周围形成的。欧洲中石器时代和日本绳纹时代早期都有发现，弥生时代和古坟时代偶有发现。由于保存了不易腐烂的骨角器和动物遗体等，并在短时间内形成很厚的贝层，因此便于了解文化的变迁。根据贝的种类，可分为纯咸、以咸为主、半咸半淡、以淡为主、纯淡等各种贝冢。根据外形，可分为马蹄形、半月形、环形和小贝冢等类型。