相互差别是因明用语。指因明立宗时有法与能别之间到底应该由谁来决定谁的问题。商羯罗主《入论》云：“此中宗者，谓极成有法，极成能别。差别性故”。《大疏》解释道：“此取二中互相差别不相离性为宗体”，至于为什么是互相差别，窥基没有说明，由此在学界引起争论。吕潋认为只能由后陈去差别前陈，而不能互相差别；熊十力认为就体义来说，是互相差别的。