黑小飞是完成度只有96%的白小飞克隆体，刚苏醒时甚至没反应过来什么情况和自己是谁。黑小飞刚苏醒时，其性格与本体白小飞差别不大，仍具备幽默、吐槽犀利等特点；也会对遇难之人施以援手，甚至不顾个人安危。

尸变之后开始变的有些寡言少语，但还具备着人性。

不会开船，完全不懂如何启动“东方希望号”，即使在游戏高手小言子的指导下也无济于事，无奈将开船的任务交给了小言子。

黑小飞对小龙虾过敏，在从东瀛返回炎黄的飞行器上的庆功宴上大家吃麻辣小龙虾，但他因为过敏就没吃。

在H市尸巢出现那天，小鹿误食美杜莎蛇眼，眼睛和嘴放出黄色光柱。被黑色火线克隆的“白小飞”（即黑小飞）此时恰好苏醒，发现自己身处绿色液体之中，便在克隆完成度只有96%的时候踢破容器逃出。此时“白小飞”没能反应过来自己所处的情况和自己是谁，但他看见了远处小鹿放出的黄色光柱。随后黑小飞想起来“自己是白小飞，H市发生了感染，自己要救小薇”，决定去光柱那看看。他在附近拿了一件高级的作战服，便一跃而出，却因为衣服的原因跳过头了，撞在了墙上，正好到小言子、小鹿等人前面。黑小飞问小言子黄光的事，而小言子认出他是“白小飞”，但黑小飞不认识小言子，有些奇怪，随后又认出了小鹿。黑小飞来到小言子所在的船上，踢飞了小尸鲨，三人相认，并从小言子那里得知了在黑色火线发生的事。随后黑小飞明确了去尸巢救小惠和H市市民的目标，并遇见了从江里漂来的船“东方希望号”，便一起上船前往尸巢，却被巨大的蜘蛛网拦住去路。

黑小飞上网查看情况，发现一些人形的茧里已经变成了尸兄，并救出了困在茧中的人类春儿。但黑小飞被变异的小鹿母亲用蛛丝黏住了脚，随后蛛皇出现，与黑小飞展开战斗。交战中黑小飞切断了蛛皇的腿，蛛皇却能食茧再生，黑小飞趁机把被困的赵日花救到船上。蛛皇召集许多蜘蛛尸兄向黑小飞吐丝，黑小飞想到春儿还在网上打算施救，却被蛛丝层层黏住无法动弹。然后蛛皇要和小鹿妈妈要享用黑小飞，小鹿慌忙大喊妈妈，于是蛛皇又要对小鹿动手，被恢复部分意识的小鹿妈妈拦住。蛛皇见状，毫不犹豫地杀了小鹿妈妈。

小鹿大怒，蛛皇又去攻击小鹿，但被小鹿使用锇金化挡住。然后蛛皇发现小言子要去救黑小飞，又对小言子展开攻击。小鹿又发动锇冰梭毁掉了蛛皇的蜘蛛身体。蛛皇丢掉蜘蛛身体，抓住了小鹿。小言子见状不好，用刀去砍了蛛皇的右肩。蛛皇扔飞了小鹿，弄开了小言子。被赵日花救出的黑小飞急忙接住了小鹿，并冲过去与蛛皇展开肉搏战。最终黑小飞扭断了蛛皇的脖子，并放火烧死了蛛皇。

黑小飞给了他们武器，让赵日花和春儿躲到船舱里面，独自进入尸巢。

黑小飞进入尸巢后，遇见了竹坛主鑫磊。这时，血莲教的一个小喽啰被一只尸兄追了过来，黑小飞击杀了那只尸兄。竹坛主看他很厉害，便跟着他深入了尸巢。尸巢内，他们撞见了一个天坑。突然，一条蛇将竹坛主拽了下去。然后，左护法从里面冒了出来。白小飞打不过左护法，只好逃掉。逃跑过程中，他躲进了一扇铁门里面，再次遇到了竹坛主。这时，左护法吐出的尸兄又追了上来，他们只好躲进了虫穴。后来，黑小飞在虫穴中了尸蝶的幻觉，滑到了K的前面。K向他问好，但黑小飞却将其看成了一个大西瓜。K帮黑小飞打败了追杀他的饲养员们，但黑小飞却由于幻觉，扑过去要吃“大西瓜”，误食了K的血，嘴里长出了尖牙。K将其打飞，还说黑小飞是她的人了。但是二人的战斗却惊动了虫母。虫母攻击了K，这时竹坛主帮黑小飞解了幻觉，黑小飞使用了黑暗虹吸，击杀了虫母，变成了吸血鬼。K想拉拢他，黑小飞不愿意，说“他自有打算”。

后来黑小飞在第二养殖场救出了许多幸存者后，狐姐以人质为威胁让他去见龙右，黑小飞妥协，并经由开胃奶见到了控制着不死髅体的龙右。结果龙右听牛奶说白小飞是象棋冠军，要跟黑小飞下生死棋局，并让小惠给黑小飞做棋子“黑将”。然后龙右告诉黑小飞规则，但黑小飞拒绝下棋。龙右又以那些人质的生命作为威胁，黑小飞不得已与龙右开始对弈。

对弈过程中，龙右暗中让一些青蛙尸兄吞吐一些气来刺激黑小飞的杀势，并在对弈中成功激发出他的杀势，导致人质死伤很多。不过最终黑小飞还是赢了棋，龙右说代他走棋，结果将开胃奶贯穿并将其撕裂成两半。黑小飞感到十分痛苦，龙右却说人类只有在痛苦中才能得到觉悟，然后向黑小飞进攻，双方展开激战。

经过一番战斗，黑小飞被龙右踩在了脚下。黑小飞很生气，杀势进一步觉醒，挣脱了尸王继续战斗。战斗中进化为二阶的金刚尸婴被黑小飞爆头。随后龙右以“幻影刺击”攻击黑小飞，并借助可以分叉的尾巴几乎斩断了黑小飞的左臂。然后龙右冲过去，拽掉了黑小飞的左臂。然后，龙右用花丝将黑小飞缠住，并准备挖出他的心脏。却没想到，黑小飞是假装失去理智，挣开花丝，将龙右的头斩断并打爆，但却被龙右暗算，变色龙假扮的小惠捏爆心脏，换上了黑金心脏。

黑小飞变异后，将K击飞，少教主让他把血翼黑刃拔掉。黑小飞一握上血翼黑刃，少教主身上的血魔圣血和不死血就被他吸走了。K很生气，攻击黑小飞但被他打跑，抺茶、小姿也上去制服黑小飞，但也被轻松打败。

后来开胃奶经过一番努力，唤回了黑小飞的人性，使他停下了攻击。但是炎黄军方总部派来的炎黄天晓战舰的微型甲虫战机误以为他和开胃奶是感染者，并攻击他们。黑小飞和开胃奶逃出了尸巢。然后黑小飞在楼顶看了看在东方希望号上的白小飞众人，意识到了有两个自己的事实，便带着开胃奶离开了H市。

黑小飞和开胃奶一起来到了藏区小镇牙木隐居，遇到了正在接受采访的“七级舞尸猎人”黑塔。在开胃奶被黑塔的绝技“黑柱”压住时，上前一击将黑塔击飞。然后，黑小飞就带着开胃奶走开了，开胃奶还说他们是来隐居的，坐火车坐的他都差点以为是来旅游的的了。

黑小飞和开胃奶为了寻找如何接下来生存下去的道路，来到了藏区大雪山里的不朽大师的神宫里来请教不朽大师。来到不朽大师的神宫后，黑小飞决定，先呆在山上，等五天之后，再下山会会尸王。在被不朽大师调教后下山了。

在京城大战中与真正的白小飞相遇，认清自己的身份，随后自称“黑小飞”。战后，黑小飞和白小飞共同成为新的炎黄守护者，前往日本抢夺尸王龙右原体，以及追击叛国的王家。

在东瀛篇，黑小飞和白小飞同炎黄安插在东瀛的交通站的站长野原·哥基拉接头。之后白小飞在东瀛受森川凌峰所托毁灭黑太阳组织时，黑小飞和金花、盖天、毒天龙、双剑小聪、双刀堕翼在白小飞的带领下一起参与毁灭黑太阳组织行动。之后白小飞被王家生擒，黑小飞冲进王家救援，期间大败王天王的三个儿子，并和“主上”派来的三爷进行缠斗，最后被王天王击败。不过王天王在临死前将家族钥匙留给了黑小飞。

黑小飞回国养好伤之后，又在欧洲篇参加保卫地狱之门大战，被太空旅人流放到月球。因为王天王给予的家族钥匙，黑小飞进入了王家在月球的秘密基地内部，遇到了外星生物兔子。

在月球上吃了月亮萝卜突破到神级，后来在蜀山战役后回到了炎黄。

在喜马拉雅山与白小飞等决战龙右，因为和白小飞合体彻底消失，最终完成消灭龙右使命。