更新时间：2020-09-05 16:45
两座岛式月台，一座侧式月台。
侧式月台的第三月台已于2007年5月3日启用，仅机动性使用，大多以终点列车停靠为主，偶尔会有始发列车临时从此月台发车。
跨站式站房，购票及服务设施设在三楼大厅，与前后站均有连通。
前站有两座楼梯，一座进站一座出站。
后站仅有一座楼梯，因为原后站出站楼梯，被征用为第三月台楼梯使用。
月台
1 1A █西部干线（下行待避） 往台中、高雄方向
█东部干线直通（上行） 到达
2 1B █西部干线（下行） 往台中、高雄方向
3 2A █西部干线（上行） 往台北、基隆方向
4 2B █西部干线（上行待避） 往台北、基隆方向
█东部干线直通（下行） 往花莲、台东、高雄（经南回线）方向
█东部干线直通（上行） 到达
5 █林口线（上下行） 调车
7 3 █东部干线直通（上下行） 到达
现为一等站。
为东部干线（宜兰、花莲及台东方向路线）对号列车的实际起点站及终点站。
东部干线区间车主要始发站及终点站。
西部干线主要停靠区间车、莒光号以及部分自强号列车。
邻近设有树林调车场并由本站管理，供东部干线各级列车整备、发车使用。
通往树林调车场的轨道为平行于纵贯线的第三线（小运转线），不影响主线行车。
如果小运转线或其前后的道岔有问题，列车可以临时经由西正线进出调车场。
二楼设有7-11便利商店及树林就业服务站。
本站开放使用悠游卡、台湾通及远通ETC卡付费。
有地下化之规划。