除了讲学之外，明思宗还会将朱慈烺带到朝会和召对的场合中，一起听政或受贺。在做出各种决策时，都会让朱慈烺观摩，在批阅奏章时，也往往让朱慈烺一起看，并言传身教道：“凡阅科道疏，须观其立意，或荐剡市恩，或救解任德，此立意处。若铺张题面，娓娓纸上者，借耳，无为所欺也。”有时还会问朱慈烺对处理政务的意见，朱慈烺的回答总是令明思宗满意。

明思宗预备在朱慈烺十五岁（虚岁）时选婚，十六岁完婚，为此将父皇明光宗朱常洛当太子时居住的慈庆宫改为端本宫，当时居住在此的懿安皇后已迁出，朱慈烺预定于崇祯十五年（1642年）十月二十七日从钟粹宫移居至此。但阁臣蒋德璟等表示天气寒冷，于是改到来年春天再迁移。然而由于时局艰难，选太子妃之事被延宕，朱慈烺也始终没有搬进去。

进入崇祯十七年（1644年），明朝国势已到千钧一发的时刻，部分臣僚请求让太子南迁监国，明思宗没有同意。三月，李自成即将进京，明思宗自缢于万岁山。在自缢前夜，明思宗将太子朱慈烺和他的两个弟弟定王朱慈炯、永王朱慈炤托付给太监王之心、栗宗周、王之俊三人，送到成国公朱纯臣等那里，他亲自给朱慈烺换上民间破衣服，并谆谆告诫：“汝今日为太子，明日为平人。在乱离之中，匿形迹、藏姓名，见年老者呼之以‘翁’、年少者呼之以‘伯’、‘叔’，万一得全报父母仇，无忘吾今日戒也！”在场之人无不痛哭失声。不久王之心卒，栗、王二人将朱慈烺交给李自成。

朱慈烺见到李自成，昂然挺立，李自成命朱慈烺下跪。朱慈烺怒道：“吾岂为若屈耶？”李自成厉声诘责道：“若父皇何在？”朱慈烺说：“崩于南宫矣！”李自成又说：“汝家何以失天下？”朱慈烺说：“我何知？百官当知之。”李自成不能让朱慈烺屈服，便息怒说道：“汝父在者，吾能尊养之。”朱慈烺又说：“何不杀我？”李自成说：“汝无罪。”朱慈烺说：“若是，则速以礼葬我父皇、母后。百官无义，且必朝贺矣！”李自成命朱慈烺同坐饮食，朱慈烺不肯吃，李自成就把他送到刘宗敏营保护。其后又封为宋王。明思宗夫妇下葬时，朱慈烺从白天哭到黑夜，不肯离开帝后梓宫。

四月十三日，李自成率军东征吴三桂，朱慈烺兄弟随行。此后便不再有他们下落的确切记载。根据一些可靠度存疑的传闻，李自成在山海关之战前夕派张若麒等与吴三桂谈判，并迫于吴三桂之要求，交出朱慈烺等人，并约定向被称为“大明朝义兴皇帝”的朱慈烺交割北京及合力抗清的誓书。朱慈烺的手敕也在五月初一日传至北京，使用“义兴”年号，称自己将在五月初三日入京。司礼太监王德化等已准备好法驾卤簿迎接朱慈烺。吴三桂请求摄政王爱新觉罗·多尔衮立朱慈烺为帝，多尔衮不许，吴三桂便将朱慈烺在晚上送至高起潜处，也有说法是偷偷送到皇姑寺。

清顺治二年（1645年，南明弘光元年），清和南明都出现了自称朱慈烺者，是为南北太子案。

北太子者，盖云有似太子者诣周中书元振家而出，为街道所奏，继而殿中勘之，言宫中事颇合，以讯内官，莫敢认者。有一杨姓内监在旁，太子曰：“此杨某，曾侍我”。杨即诈曰：“奴婢姓张，先服侍者非我也！”又呼旧侍卫锦衣卒十人讯之，咸曰：“是永王”。有晋王者，山西从闯来，因留京师，独言其伪。于是言真者，皆下狱。刑曹郎钱凤览详讯，遂以真皇子报命。晋王抵览，览勃然语侵晋王。复廷讯之，内阁谢升执以为伪。太子曰：“某事，先生忆之否？”升默然，一揖退。凤览面叱升不臣。正阳门商民数人具疏救皇子，詈谢升禽兽无道，具疏人亦下狱。乙酉正月初十日，清廷摄政王（爱新觉罗·多尔衮）曰：“太子真伪无伤，但晋王明朝宗室、谢升明朝大臣，凤览呵晋王、百姓骂谢升，皆乱民也。”命系狱者尽杀。四月初六日，凤阳民张三聚众誓救皇子，以杨生员为谋主，生员孙三应之，俱擒杀。初十日，太子遂薨。

南太子者，盖云东宫旧奄李继周、杨进朝奉南廷御札迎之。先是，吴三桂拥太子离永平，至榆河，隐逸之民间，使人导入皇姑寺。太监高起潜奔西山，太子自诣之，遂同至天津，浮海而南。而起潜奉中朝之旨，欲加弑害，其侄鸿胪序班名梦箕者曰不可，挟之渡江，因栖于苏，复转于杭。而后梦箕惧祸及己，乃密启于马士英，于是遣内竖李继周持御札召之。继周至杭，闻已诣金华，即往觅之，乃跪曰：“奴婢叩小爷头。”且云：“奉新皇爷旨，迎接小爷进京。”继周进京，先白士英，随奏弘光。太子止石城门外，明安宗复遣北京张、王两内竖觇之，二竖一见太子，即抱足大恸，见天寒衣薄，各解衣以进。明安宗闻之，大怒曰：“真假未辨，何得便尔！太子即真，让位与否，尚须吾意。这厮敢如此！”遂掠二竖俱死，继周亦赐酖死。有旧奄苏某云：“东宫其真，其足骭骨左右各双，谁能伪者？特慑于积威，无敢相剖耳。”

明安宗（朱由崧）复召勋臣朱国弼等、阁臣马士英等、词臣刘正宗等入见武英殿，面谕同府部九卿科道辨验北来太子真伪。日午，群臣奏：“系故驸马都尉王内侄孙王之明，曾侍卫东宫，家破南奔，鸿胪寺少卿高梦箕家丁穆虎教之诈称太子。”遂投之入狱。太子于狱中遣校尉买香烛，香烛至，太子即燃火间南北向再拜，大呼“太祖高皇帝、皇考皇帝！”复再叩首，号泣数声，拭泪就坐，饮泣不已，满狱为之凄然。

有内官以密疏劝明安宗曰：“东宫足骭异于常形，每骭则双，莫之能诬。”乙酉三月辛卯，呼东宫旧时詹事太监拱乾辨之，拱乾唯唯。百官集定，众拥拱乾前，王铎指示太子曰：“此何人？”太子一见，即云“方先生在”。拱乾惧，即退入人后，不敢复前，亦不敢言真伪。张孙振曰：“汝是王之明！”太子曰：“我南来，从不曾自己说是太子。你等不认罢了，何必改易姓名？”又曰：“你等不尝立皇考之朝乎！何一旦蒙面至此？”众官窃窃，有赧者、有恨者，莫之敢决。黄得功、何腾蛟均上疏为太子争，明安宗有旨王之明假冒系亲口供吐，不必悬揣过虑。三月戊戌，左都李沾复会审太子于朝。及审时，沾呼“王之明”，不应。喝问何不应？太子曰：“何不呼明之王！”沾喝上拶，太子号呼皇天上帝，声彻于内。将出朝，旧东宫伴读邱致中捧持大恸。明安宗闻，即令擒下，发镇抚司严讯。

有题诗于皇城曰：百神护跸贼中来，会见前星闭后开，海上扶苏原未死，狱中病已又奚猜！安危定自关宗社，忠义何曾到鼎台！烈烈大行何处遇，普天空向棘圜哀！

南北太子，一时真假难分。因钱凤览以死上疏争北太子故，多谓北太子为真。然北太子称其“从来未落贼手，止是流亡在外。”时礼部尚书黄熙胤、中书朱国诏都曾闻太子在流贼刘宗敏处，晋王亦言太子被贼裹去，同在一处。先是，公主审详形貌，全然不是太子，袁贵妃及宫女秦寿，也皆不认识。左良玉力争南太子时亦称“李贼逆乱，尚锡王封，不忍遽加刑害，何至一家反视为仇！”可见太子曾落贼手人尽皆知，故又疑北太子为假。又或云南北太子皆假，有传太子薨于乱军中。

有一种说法是李自成攻破北京后，崇祯帝见大势已去，绝望地叫来太子朱慈烺并另外两个儿子——朱慈灿、朱慈焕，亲自为他们换上民间衣服，令其逃亡，并叮嘱他们说：“见到做官的叫老爷或相公，见到平民百姓叫老爹或老兄，见到文人叫先生，见到军人叫军爷，以此保全性命，勿忘父母之仇，勿忘光复明室。”

于是太子趁乱逃出皇宫，被一位老太太收留。当老太太得知他是太子，便让他隐姓埋名，在家藏匿三个月之久。后来老太太衣食无着，无力供养太子，就想办法把太子送到了当时国丈周奎家。这周奎胆小怕事，不敢收留，甚至听到清廷的搜捕令后，立刻将朱慈烺上交了刑部。清朝统治者得到朱慈烺后，恐怕朱慈烺会成为明朝遗民的精神支柱，于是将他处死，斩草除根。

还有一种说法是他被李自成抓获，李自成让他下跪，朱慈烺怒道：“我怎么能跪你！”李自成无可奈何，又和着脸色问道：“你父亲在哪儿？”太子说：“已死！”李自成又问他：“你们朱家为什么失去天下？”太子说：“当问百官，我怎么知道！”李自成竟然拿他没办法。后来，李自成被吴三桂与清军击败，他不得不与吴三桂议和，作为条件之一，把太子交给了吴三桂。不到一个月，清军入京，吴三桂希望立朱慈烺为明帝，但被多尔衮拒绝。吴三桂愤而挟持朱慈烺到山西，朱慈烺死在陕西宁家湾。

据传，时任太子太保的广东顺德状元黄士俊，带着明崇祯皇帝的儿子朱慈烺一路逃命，经甘竹滩左滩村石桥时，江面掀起巨浪将船掀翻，太子溺亡。此后，当地人为纪念明太子，将石桥改名为见龙桥。

李士淳被选为东宫侍读，成为皇太子的老师之一。据传，朱慈烺由老师李二何（李士淳）带回故乡广东省梅州市梅县区松口镇，并修建世德堂以图东山再起。为避人耳目，朱慈烺削发为僧，在梅州阴那山的灵光寺隐姓埋名，静度余生，后来老死深山，被当地人尊为“太子菩萨”。

明末翰林李二何（李士淳）在皇宫任侍读学士，教明末代皇帝明思宗的儿子朱慈烺读书。清兵入关，李二何见大势不妙，便携皇太子朱慈烺潜逃至福建，后听说侄子李直简在老家松口建世德堂，李二何就回到松口把世德堂里的大部分建筑按皇宫模式进行建造，为使朱慈烺称帝复明时有座行宫。

史学家推断，世德堂是明朝最后一位太子朱慈烺的宫殿，大厅，堂门门槛，天井中间文武官员上朝的过道，外围围楼的碉楼，高墙厚壁，及附近9座可供皇室内眷和官员居住的围龙屋，依旧能感受到昔日的皇家气势。

灵光寺的三柏轩主人李士淳是明朝的翰林，曾任东宫侍读，即皇太子的老师之一，相传，他南下逃离北京时，曾携皇室人员潜遁归里。因明末皇太子下落不明，于是衍生出太子出家阴那山的传说，奯山和尚甚至被认为就是出家的太子朱慈烺。

农历三月十九日是明思宗朱由检上吊自缢的日子，因此每年到了三月十九日李二何和朱慈烺会就祭拜先皇，称此日为“太阳生日”，至今仍被当地客家人定为民俗节日。每年到了三月十九，一大家人就会聚在一起祭拜祖先，炒面条吃，已经传承多年。

有人总结自古以来君主即位后不久所生的太子都没有好下场。如纣王、刘劭、赵桓、朱厚照等。而这一点在朱慈烺身上同样应验。

朱慈烺出阁后，没有明思宗的批准就见不到母后。有一天，朱慈烺请求见母后一面，正好桌子上有“河南寇以某月日破某城”的急奏，明思宗叹息道：“若不几见而母，而动关我乎？今后勿复泥常也。”此后就废除了这个规矩。

陕西合阳有传说称，清军入关时，朱慈烺被李自成裹挟逃走，到山西时逃脱，八月流落至陕西合阳的宁家湾，被当地绅士宁浤（兵部职方司员外郎宁时镆之子）留下，并将自己两个女儿嫁给朱慈烺，不久朱慈烺出走南下，两女都不改嫁。