讨袁护国军约2万人，蔡锷、李烈钧分任第1、第2军总司令，唐继尧任都督府都督兼第3军总司令。计划第1军攻川，第2军入桂、粤，第3军留守云南，乘机经黔入湘，尔后各军在武汉会师北伐。另由都督府左参赞戴戡率一部兵力入黔策动起义。

1915年12月25日，唐继尧、蔡锷、李烈钧等向全国发出通电，宣布云南独立，反对帝制，武力讨袁。按照中华民国成立时的体制和名称，设立都督府，以唐继尧为都督。组织护国军，以蔡锷、李烈钧为护国第一、二军总司令，统兵出征，分别进入四川、广西等地；唐继尧兼任护国第三军总司令，留守云南。

1915年12月27日中午，唐继尧亲至云南省议会宣布独立，即成立军政府，仿照辛亥革命时的武昌军政府形式，推举一位都督和一位总司令，唐继尧为都督。

1915年12月29日，袁世凯下令褫免唐继尧、任可澄、蔡锷的官爵，并派第一师师长张子贞代理将军，第二师师长刘祖武代表巡按使，令他们就近押解蔡、唐等人来京治罪。

1916年1月1日，云南军政府发布讨袁檄文，历数袁世凯二十大罪状，号召全国军民共同讨伐袁世凯，保卫共和、民国。

1916年1月16日，蔡锷所部刘云峰梯团抵达滇川接壤之新场。17日，向川南镇守使伍祥祯部发起进攻。次日，占领四川高县西北之横江。19日，向叙府(今宜宾)西南之安边进攻。第1支队在正面实施佯动，第2支队利用夜暗迂回至安边侧翼，突然发起攻击，伍部向叙府溃逃。护国军乘胜追击，21日占领叙府。嗣后，北洋军分四路反攻叙府，均被击退。

27日，贵州护军使刘显世宣布贵州独立，并派出两路黔军协同云南护国军作战。一路由黔军第1团至第3团合编为护国军东路支队，王文华任司令，进击湘西。一路由第5、第6团和戴戡所率滇军合编为滇黔联军右翼军，戴任总司令，向四川綦江、重庆一带进攻。2月13日，戴部抵川黔边境松坎(属贵州桐梓)。14日，向川军第1师等部发动进攻，至18日，连克綦江以南之东溪、马口垭等地。下旬，北洋军陆续增兵向戴部反攻，戴部相继退守东溪、松坎，与敌对峙。

蔡锷所部赵又新梯团一部与已起义川军刘存厚第2师，于2月初联合向四川泸州发起攻击，一度占领泸州外围蓝田坝、月亮岩等要点。北洋军陆续抵泸后，护国军寡不敌众，退守纳溪等地待援。23日，蔡锷根据敌我态势，决定采用两翼包围、正面突破战术，以积极防御消灭北洋军。28日开始反击，战至3月6日，北洋军伤亡惨重，护国军亦因弹药不济，人员疲惫，分路撤出纳溪至叙蓬溪(今护国镇)一带有利地形休整。15日，蔡锷乘北洋军官兵厌战，物资补给极其困难之机，决定集中主要兵力分三路反攻纳溪。17日，担任主攻的右翼赵又新梯团从纳溪以东之白节滩发起进攻；中路顾品珍梯团在正面牵制敌军；左翼刘存厚部攻占江安，保障主力侧翼安全。19日，护国军全线突破北洋军前沿阵地，歼敌一部。至3月底，陆续收回失地。北洋军伤亡甚众，无力继续作战。4月2日，蔡锷致电唐继尧、刘显世、戴戡，表示“我军各路所控之敌，均较我为优，势非得新援及将器械、人员、弹药补充完满，决难移转攻势”。

1916年1月下旬，王文华率护国黔军进抵黔湘边境后，立即分路向湘西北洋军进攻。第1团于2月2日晚乘湖南晃州(今老晃)城中北洋军欢度旧年除夕之机发起攻击，北洋军不备，次日败逃蜈蚣关(距晃州东约15公里)。黔军进占晃州。4日，攻克蜈蚣关，歼北洋军第5混成旅和镇远道守备部队各一部。第3团于2月5日克黔阳。其间，第2团攻占麻阳城外围部分据点，曾两次攻城未果。13日，第1、第3团联合向沅州(今芷江)发起攻击，北洋军弃城逃走。14日，黔军占沅州。王即以第1团一部兵力支援第2团再攻麻阳城，16日攻克该地。至2月下旬，护国黔军连克洪江、靖县、通道、绥宁等地，击溃北洋军约3个混成团兵力。3月中旬，北洋军向麻阳、黔阳等地发动反攻。护国黔军顽强抗击，牵制湘西北洋军向主要方向四川转移兵力。

1916年2月20日，李烈钧部由昆明向广西开进。3月初，在滇桂边境之广南、富宁地区与龙觐光部展开激战。第2军张开儒梯团于富宁东面之皈朝地区击退龙觐光部第1路司令李文富部多次进攻，双方成僵持状态。第2军方声涛梯团与龙军第2路司令黄恩锡部在广南地区激战数日，将黄部击退。15日，宁武将军陆荣廷通电宣布广西独立。云南护国军趁势向龙觐光部发动反攻。与此同时，由云南前出广西截击龙觐光部的第3军赵钟奇梯团进抵西隆(今广西隆林)，与方声涛梯团夹击黄恩锡部。黄部战败，残部向滇南逃窜。由第3军一部改编的挺进军黄毓成部，此时亦由云南经贵州兴义进抵广西百色，协同桂军包围龙觐光指挥部，并将其全部缴械。李文富见大势已去，率众投降。窜至滇南的龙觐光部第3路龙体乾土匪武装和黄恩锡残部，遭第3军刘祖武等部阻击，部分被歼，部分逃离滇境。

1916年5月2日，居正率领中华革命军东北军进攻驻守潍县的北洋军陆军第五师。5月4日夜，东北军猛攻南门，试图打进潍县城，没能成功。第二天，东北军尹锡武部进攻潍县东关坞，炮轰东关西南门(奎文门)仍未克。又由东北军华侨义勇团炸开东关南门(鸣凤门)，攻入东关坞。第五师郑士琦部马上进行反攻。东北军未能攻克东关坞，便退守潍县火车站附近的擂鼓山，与北洋军对峙。霸占胶济铁路及潍县火车站的日本驻军以调解双方“停战议和”为由进行了干涉。

25日，第五师师长张树元奉令撤退到了潍县城城北庞家庄(今潍坊经济区双杨街道庞家村)，潍县县知事张汝钧也随军撤退到那里去了。东北军便占领潍县。

1916年3月22日，袁世凯三路攻滇计划失败，加上在广东、山东等地北洋军亦遭到打击，外交上又连受挫折，被迫宣布撤销帝制，但仍居大总统位。

1916年5月8日，军务院在广东肇庆成立，唐继尧任抚军长，与袁世凯政府对峙。不久，陕西、四川、湖南等省相继宣布独立。

1916年6月6日，袁忧愤而死，由黎元洪任大总统，宣布恢复《临时约法》和国会。

1916年7月14日，军务院撤销，护国运动结束。

云南以边僻一隅来对抗袁世凯，在形势上来说，强弱之势人人皆知是很悬殊的。癸丑（民国2年）第二次革命，国民党几乎奄有半壁山河，和袁一开火，就迅告失败，所以袁在称帝前后，确是没有把云南看在眼中。然而，云南有它有利的条件，在地理因素上，云南居高屋建瓴之势，易守而难攻，滇军骁勇善战，并且极能吃苦耐劳，这是云南用兵的有利之点。

唐继尧在蔡锷抵达云南后召集军事会议时，曾分析整个战略形势，他说：“云南东北与川黔桂毗连，出师形势关系甚钜。兹就三省地势言之，贵阳为滇南门户，辰沅为湖南西门，以云南为根本，奋师东征，以一支上辰沅经新化取长沙；以一支由辰沅下沅水取常德，长沙取，北向岳州逾洞庭之险以有武昌；常德取，北扼虎渡规荆州以指襄阳。有武昌则长江之消息通，有襄阳则中原之消息通，不出旬月，东南大势俱属云南矣。此上策也！要之云南之险，不在云南而在西蜀，以云南为根本，大举东上，以一支出叙、沪进渝、夔下宜昌、武汉，以一支出宁远过成都上泯洮赶秦、陇，如是则以西南而忽据西北，天下视听必且一新，以为亚夫之兵从天降也。此亦上策也！若夫南宁者，广西心膂，梧州者，西江上游，由云南展膂而东，驻师梧州，以一支东下广州，封城绵远，田壤沃饶，大海南环，五岭北阻，北出则可以震动江左，东出则可以进据闽浙，以一支由梧州向桂休逾衡、永、浮湘直下，长岳既得，武汉震惊，此中策也，故据以上所论，我可发展之时机可分为三：

今拟两策并用，三路出师。”

袁政府的财政收入，关、盐两税的绝大部分已为外国银行团所扣留，各省上缴款项，也常常被地方军阀截留，即使上缴，也非常有限。袁政府还继承了偿还清朝外债的重担，本身又有巨额外债。因此，袁政府只能继续“仰给外债，以度岁月”。仅1913—1914年，就举借外债20项，合计约3.76亿元多。而这些借款又大都是由外国银行经手，扣除实交折扣和到期应付外债本息，实收额只占借款额的47.96%。1915年，国库收入共计银元130678127元，支出共计银元139036456元，赤字为8358329元。

护国战争冲击了袁政府的经济秩序，袁政府的财政立即陷入了困境。袁政府为了镇压护国起义，开始筹集军费，加重了对地方的搜刮，摊派“征滇军费”，通过发行公债来骗取商民的银元。以汉口水电公司担保向美国借款四百万元，被拒绝。

护国战争爆发后，中、交两银行增发了大量纸币。导致袁政府金融崩溃，于1916年5月12日(星期五)晨，宣布中、交两行停止兑现。1916年6月4日，交通、中国两银行发行的纸币，“市兑已跌至七折”，五国银行团申明不受停兑令的约束，北京的外交使团对停兑直接提出质问，声称要采取保护“在中国财政利益之办法”向袁政府施加压力。在列强的强大压力下，袁政府只得部分修改停兑办法，允许海关、盐务、铁路等所收中、交钞票，照常兑换现银。

在军事会议中，有三个重要的课题引起争论，第一：起义讨袁后应该成立一个什么型式的机构？当时有的主张成立元帅府，有的主张设立军政府，可是蔡锷也好，唐继尧也好，都主张不要包办讨袁，应该示天下以公，于是决定把袁世凯所派的地方官制“将军”和“巡按使”合并，恢复都督府，召集省议会。第二：起义讨袁后，义军应如何称呼？当时有的主张称讨贼军，有的主张称定乱军，最后决定用李梓畅所建议的护国军。护国的含义是维护中华民国国体。第三：护国军政府的都督应由谁担任？唐继尧推蔡锷，蔡锷推唐继尧。在唐来说，蔡是他的学长（蔡是日本士官三期，唐是日本士官六期），又比他长一岁，蔡且一直是唐的长官，唐回任滇督也出于蔡的推荐，蔡在国内外都有大名足资号召，所以诚心诚意地推荐蔡出任都督；可是蔡推唐也有理由，护国兴师举义全赖云南，唐是云南人，蔡自己是湖南人，主客之势已成，自己不能喧宾夺主，何况唐督滇已有三年，在云南已有基础，所以也是诚记诚意地推让唐为都督。两位贤者的谦让，成为民国初年政治史上的佳话。最后，蔡以严肃的口吻说：“我们这次举义，最要紧的是要赢得全国各方的同情，以求得多助。蓂赓（唐继尧号）身为地方大吏，如果率军出征，很容易引起邻省认为是假名侵略之嫌，过去滇军扰川已有猜疑，今若不避嫌，更容易被袁世凯挑拨，中其反间，所以统军出征应由我和协和（李烈钧号）。至于坐镇后方，领导军政府重责蓂赓万万不可谦让。”蔡锷的这番话非常感动人，他自己也泪随言下。于是与会人士一致鼓掌赞成。

这一次会议，在一张长条桌前，唐和蔡是并坐主席位子，唐为了尊礼蔡，他的位子一直侧一半，以示不与蔡并肩。会议中决定唐继尧为云南护国军政府都督，护国军成立三个军，蔡锷为第一军总司令出四川；李烈钧为第二军总司令出广西；唐继尧兼第三军总司令出武汉。

唐继尧郑重地向与会人士表示三点意见：

因此，后来护国军发出的通电檄文都是唐继尧、蔡锷、李烈钧等共同列名。三位元戎往来的文电均系平等语气，军总司令虽隶属于军政府，可是组织大纲上并无统属之规定。

洪宪帝制以前，云南军队因袁世凯实行削弱南方兵力计划，极力缩减云南军费。早在民国3年的云南军费是32万余元，民国4年就减为24万余元，减少了四分之一，由于军费减少，自然不能多编部队，所以当时现役兵只有陆军两师和一个混成旅，一队宪兵和十余个独立步兵连，一个独立步兵营，93个警卫队而已。云南举义讨袁，出师计划中，第一军要编三个梯团出四川。第二军编两个梯团出广西入广东。第三军编一个梯团及先遣一纵队出贵州会师湖南，别一支队扎武定，远图成都，另编挺进一军由贵州直趋辰、沅、常德，出没武汉、荆、襄。这一来，云南的精锐现役部队大部分都已抽调。无论前方后方都需要大量补充，唐继尧及委蒙自道尹兼护国军第二军参谋长何国钧为义勇军司令官，募集义勇4000余人，派马文促为游击统领，黄文忠为游击队统带，并在昆明设立征兵事务所，增编新军20团（原有八团），警卫团四团（原有二团），骑兵、炮兵各一团。

新编各团团长是：禄国藩为第九团长、朱德为十团长、盛荣超为十一团长、杨体震为十二团长、李修家兼十三团长、黄永社为十四团长、李植生为十五团长、刘法坤兼十六团长、马为麟为十七团长、马骢为十八团长、缪嘉寿为十九团长、马轸为二十团长、马梁为二十一团长、邓埙为二十二团长、林桂清为二十三团长、徐振海为二十四团长、方声涛兼二十五团长、钱开甲为二十六团长、段廷佐为二十七团长、周宗濂为二十八团长、陈维庚为警卫第二团长、叶荃兼领警卫第四团长、廖鼎高为骑兵团长、李朝阳为炮团长。

各团先后成立，日夜勤加训练，厉兵秣马，准备出征，较起义前的兵力增多了二倍。

军队扩充了，还有饷械问题，云南本是靠协饷的省份，军费既要自己负担，又要扩充军队，因此筹饷购械是一个重要工作，筹饷办法如下：

军械方面除了督促兵工厂日夜加工赶造子弹外，并向法国买了一万四千枝步枪。

唐、蔡、李三位起义领袖并发出两通电报给华侨，请求捐饷助义，两电如下：

护国运动是近代由中国资产阶级单独领导的仅次于辛亥革命的又一次革命运动。从云南开始的护国战争粉碎了封建帝制的延续阴谋，恢复了共和制。但是，护国运动并未最终推翻北洋军阀统治。

护国运动的结果，推翻了“洪宪”帝制，推翻了袁世凯，而最终迫使段祺瑞宣布恢复《临时约法》和国会。因此，护国战争是一次胜利的革命战争。但是护国运动的胜利果实终于归于北洋军阀段祺瑞，国家政权并没有发生革命性转移，中国半殖民地半封建社会地位仍然没有改变。

护国运动是辛亥革命的继续，打倒了窃国大盗袁世凯，制止封建帝制死灰复燃，再造了共和，挽救了国家，巩固了辛亥革命的成果，它的功绩永载史册。

1916年12月，国会决定，以每年12月25日为护国运动纪念日。