1859年，以干王洪仁_为精忠军师，总理军政。后又设靖东、平西、定南、征北四方主将。各主将地位、职权远不如前期崇隆。

1861年后，因滥封王爵，指挥体系变得十分繁杂，机构日趋臃肿，征伐都由诸王领军。

1863年（太平天国癸开十三年清同治二年）7月起，以忠王李秀成为真忠军师，统率全军。太平军仿《周礼・夏官》之制，按“五人为伍，五伍为两，四两为卒，五卒为旅，五旅为师，五师为军”的制度编组。以军为基本单位，军设军帅，下辖师、旅、卒、两、伍，分设师帅、旅帅、卒长、两司马、伍长。按《太平军目》，一军有军官（自两司马至军帅）656人，伍长2500人，圣兵（伍卒）10000人，共13156人，但实际上都不满员。军帅以上，依次设监军、总制、将军、指挥、检点、丞相各级官职，平时居朝内分任政务，战时可分领一军或数军出征作战。除正职官兵外，各军另有经办军需、文书诸务的典官数十名及下属若干办事人员。太平军兵员多半来自农民和矿工、会党等社会下层群众，也有不少清军降卒。阖家投奔者，壮男编入战斗部队，妇女编入女营，儿童则分置各军各馆，称童子兵。女营编制与陆营略同，但不设师、旅。女营主要从事一般体力劳动，间或也协助守城作战。

太平军初期“裂布为旗”。克武昌后，旗帜始有统一制式，呈方形、三角形，尊卑有序，大小不等，上用黑字、红字书写官职。指挥以上旗帜另加水红色火焰边，自翼王至东王，分别用蓝、黑、红、白、绿色火焰边。后期旗帜制式、色彩多有变化。太平军军纪，初起时有简明条规五条：一遵条命；二别男行女行；三秋毫莫犯；四公心和傩，各遵头目约束；五同心合力，不得临阵退缩。此后，又陆续颁布律令，总数达62条，涉及礼拜、扎营、操练、作战、官兵关系、军民关系诸方面。先后刊刻了《天条书》《太平条规》《行军总要》等有关军纪的诏书，太平军军纪趋于条文化、系统化。前期太平军军纪严明，后期日趋涣散、败坏。太平军武器装备以刀、矛、弓箭镖、钩镰等冷兵器及鸟枪、抬枪等旧式火器为主，并配合一些竹制武器，后期配有少量洋枪、洋炮等新式火器。水营战船以民船为主，制式不一，设备陈旧，后有少量自造小型战船，并夺取敌之火轮、炮艇服役。太平军供给初期实行“圣库”制度。凡官兵家财、作战所得钱物，尽交圣库，违者严处。规定人无私财，官兵无常俸，所需钱物，视圣库盈虚，按定制发给。

1854年起，又在太平天国统辖地区实行交粮纳税制度，作为军队粮饷的重要来源。自中期起，圣库制度渐趋废弛。太平军的粮糗、衣物、席帐、军械、火药等军需物品，有各类军需典官负责筹措。在行军作战期间，主要通过获取清军战利品、向军力所及的民间征集；在较固定的据点和控制区，主要依靠科派，即由乡官向居民摊派索取，以及通过交易获取。太平军每日早晚须敬拜上帝，每逢礼拜日举行宗教仪式，凡有重大军事行动，常以“讲道理”形式进行教育，宣布用兵宗旨、交代作战任务、鼓励士气、申明军纪等。太平军重视部队军事训练，利用战斗间隙进行操练，定期进行“试兵”（紧急集合）。军官除精练弓、刀、枪、炮外，还要讲习《武略书》《兵要四则》等书。太平军初起时，囿于两广地区，东冲西突，并无明确战略目标。

1852年在湖南道州（今道县）整顿后始定“专意金陵”战略方针，积极攻取。定都天京后，骄傲轻敌，多路分兵，导致北伐失败，后又以保守天京为中心任务，屡屡从各战场抽调兵力回救，战略上陷于被动，直至最后死守天京，不作他图。太平军作战注意列阵，主要阵式有牵线阵、螃蟹阵、百鸟阵、伏地阵等，阵法严密。讲究战法，经常运用围魏救赵、设伏诱敌、以舍为取、将进反退、反客为主、杀回马枪、穴地攻城等战法，具有灵活多变的特点。后期因少量使用洋枪、洋炮，战术随之也有所变化。太平军先后征战于广西、湖南、湖北、江西、安徽、江苏、河南、直隶（今河北）、山西、山东、陕西、甘肃、福建、浙江、云南、贵州、四川、广东18省，先后攻克城镇500多座。在与清王朝的经制兵八旗、绿营及湘军、淮军以及英法军、洋枪队长期的战争中，运用了攻城、守城、野战、水战等多种作战样式，进行了一系列重大的战役。

1864年7月，太平天国首都天京为湘军攻陷，太平军余部在长江南北坚持斗争。江南太平军至1866年覆灭，江北太平军于1864年底与捻军合编，继续反清作战，直至1868年覆灭。

太平军是中国农民战争史上一支组织有序、能征善战的武装队伍，它沉重地打击了清朝统治，抗击了外国侵略者，在中国近代史上写下了英勇悲壮的一页。