但为了完成《史籍考》未竟之业，章学诚一方面独自继续编摩。章学诚《与邢会稽》曰： 所要诸家著录，有钞本未传于外者，多在扬州行箧，当为检寄。亦尚有数种未购集者，方当为毕制军访购，不时寄家。如尊处欲用，但遣一介之使，向小儿索取，必可得也 鄙意终以先定全秦人物表为主，如人物表已有稿底，必须草一副本交小儿处，则将来《史考》局中，但有所见，即须凭表摘录，易为功矣。弟闻毕制军仍督两湖，如楚棼稍靖，即当赴楚一行，年内仍当归里，大约书局仍不离扬州。长兴不远，往反时可通音问也。”(《章学诚遗书》卷28，《外集一》)可见章学诚依然致力于《史籍考》的修撰。

另一方面则于嘉庆元年(1796年)九月十二日致书朱珪寻求援助(是年八月，朱奉命调补安徽巡抚，十月底到任)，请求他能代向直隶总督梁肯堂或河南巡抚景安，谋求莲池书院或大梁书院讲席(时邵中英、沈步垣因居忧报阙)，以资修《史籍考》之困。在信中，章学诚不无凄婉地称 ：弁山制府，武备不遑文事。小子《史考》之局，既坐困于一手之难成，若顾而之他，亦深惜此九仞之中辍。迁延观望，日复一日。今则借贷俱竭，典质皆空，万难再支。只得沿途托钵，往来于青、徐、梁、宋之间，惘惘待傥来之馆谷，可谓惫矣......夫以流离奔走之身，忽得藉资馆谷，则课诵之余，得以心力补苴《史考》，以待弁山制府军旅稍暇，可以蔚成大观，亦不朽之盛事，前人所未有也。而阁下护持之功，当不在弁山制府下矣。

次年(1797年)正月十七日，因得胡虔书称浙江学政阮元（1795-1798年在任）、布政使谢启昆有合作辑《两浙金石考》，及设局西湖辑小学之消息，故再次致书朱珪，请其代向阮、谢等谋一职位，借以编摩《史籍考》。在信中，章学诚道其原委称 ：小子未与诸公交涉，必须阁下专书托阮学使为之地步。阮虽素知小子，而未知目下艰难，又未悉伊等所办之事，于《史考》有互资之益，须阁下详论已上情形，则彼必与谢藩伯、张运台通长计较矣。既明小子于彼诸书有益，又明《史考》得藉杭州告成，则秋帆先生必不忘人功力，将来必列伊等衔名，如秦尚书《五礼通考》列方制军、卢运使、宋臬台，亦其例也。......阮公又与诸公联属，将有所为，小子如得所安顿，则于彼之所为，既有所补，即《史考》之本业，又使诸公亦列其名。若嘱阮公以此意歆动诸公，度必可动。但学使不时出巡，必须及早致书，俾得与司道诸公相商。二月中旬，出按外郡。而小子此间他无可图，藉看一两棚考卷，以作盘费。彼时阮公正可有回书，便于作进止矣，惟阁下即图之。如阮公之外，更有可嘱之书，则更有济也。此一请求，不知何故，亦没有下文，章学诚欲借他人之力的计划再一次落空。

其后，章学诚先是于三月校文安徽桐城，继于五月因陈奉滋之介，依盐运使曾燠扬州署。而是年七月三日毕沅去世，在《丁巳岁暮书．投赠宾谷转运因以志别》诗中，章学诚痛心地感叹道：“残篇自为运筹停，终报前军殒大星。三年落魄还依旧，买山空羡林泉茂。”毕公曾许成书之日为章学诚买宅养老。又据史善长嘉庆三年(1798年)跋所作《弁山毕公年谱》称：“《史籍考》一百卷。”可见，毕沅去世时，《史籍考》乃未完成之作，而成书仅得100卷。而章学诚《史考释例》称，毕沅所规划的子目为112（据《史考释例》）

1798年章学诚入浙江布政使谢启昆幕府，继续《史籍考》的编纂。不久，章学诚与谢启昆在编纂过程中产生分歧，章氏只好辞去编职。《史籍考》的编纂工作由胡虔主持，参与者有钱大昭、袁钧（字陶轩）、张彦曾等。嘉庆四年(1799)，谢启昆调任广西巡抚，编纂工作再次停顿。是为《史籍考》的第二次纂修。这次纂修因为是在杭州进行，杭州多藏书家，图书资料的条件远比第一次纂修时优越。特别是“益以文澜阁《四库全书》，取材颇富”，因而“视旧稿不啻四倍之”。谢启昆于嘉庆七年(1802年)所作《怀人诗二十首》中，曾道及胡虔、章学诚、钱大昭、袁钧、陈 诸人”《章实斋》曰：登第不求官，空斋耐岁寒。耳聋挥牍易，鼻垩运斤难。晚境贫愈甚，芳情老未刊。近来稽水侧，谁授故人餐？”

谢启昆之续撰《史籍考》，是在毕沅原稿基础上进行的。其后，在钱大昭等幕客的佐助下，予以“增加润饰”，谢启昆主持的《史籍考》，据《史籍考总目》所列，乃续增至325卷。而谢启昆于嘉庆三年(1798年)致书陈奉滋尝称：“仆所作《小学考》，昨甫脱稿；《史籍考》年内亦可告竣。书籍友朋，此间最盛，仆之复来浙江，所得惟此耳。”可见《史籍考》的进展是相当迅速的。又谢启昆于嘉庆四年(1799年)致书孙星衍称：“毕宫保《史籍考》之稿，将次零散，仆为重加整理，更益以文渊阁《四库全书》，取材颇富，视旧稿不啻四倍之。腊底粗成五百余卷，修饰讨论，犹有待焉。”但谢启昆于是年八月即迁任广西巡抚，而毕沅家因胡齐仑案受牵连，于是年十月遭到籍没。鉴于当时毕沅政治地位的一落千丈，谢氏《史籍考》之修撰，因之中辍，故其500卷之说，盖迁调前的设想(谢氏信中有“文旌何时来浙”之语)，其后并未付诸实施，但在325卷的基础上有所增加，是有可能的。

还延揽过：严观（其父严长明）、方正澍、凌廷堪、武亿；袁钧、张燕昌、陈繵。

马国翰：有关章学诚纂修《史籍考》之缘起,经过,拙作《许瀚之文献学研究》第四章 许瀚之目录版 者,补佚不辍....（略论章学诚及许瀚於目录学观点之异同—以《史籍考》修纂为例）,载於:陈仕华主编,《章学诚研究论丛》—第四届...

钱庆曾续编钱大昕年谱，于嘉庆二年（1797）条亦称：“是年为两湖制军毕公沅校刊《续资治通鉴》。……先经邵学士晋涵、严侍读长明、孙观察星衍、洪编修亮吉及族祖十兰先生（钱坫）佐毕公分纂成书。阅数年，又属公复勘，增补考异，未蒇事而毕公卒，以其本归公子。

关于毕沅纂辑刊刻的过程，冯集梧序《续资治通鉴》称：“经营三十余年，延致一时轶才达学之士，参订成稿；复经余姚邵二云学士核定体例付刻，又经嘉定 钱竹汀詹事逐加校阅。然刻未及半，仅百三卷止。”毕沅主持纂辑《续资治通鉴》，大体经过了以下几个阶段：

第一阶段为草创期，约当毕沅任陕西、河南巡抚期间。是时，严长明、孙星衍、洪亮吉、钱坫诸人客毕沅幕中，除协助毕沅辑刻《经训堂丛书》外，即分任是书之纂辑。

第二阶段为复审期，《续资治通鉴》成编后，毕沅因不大满意，乃属邵晋涵为之更正，遂大为改观。

第三阶段为续订期，经邵晋涵更正后，毕沅又以《举要历》属钱大昕，且属其复勘全书，且增补考异。第四阶段为刊刻期，此一阶段又可分为前后两期，前一期为毕沅在世时所刻一百三卷，后一期为冯集梧于嘉庆六年（1801）年补刻二百二十卷。

章学诚所撰《为毕制军与钱辛楣宫詹论续鉴书》、《邵与桐别传》二文，则于《续资治通鉴》的卷数和版本提出了不同的说法。前文称：“计字二百三十五 万五千有奇，为书凡二百卷。”[80]后文称：“故总督湖广尚书镇洋毕公沅，尝以二十年功，属某客续《宋元通鉴》，大率就徐氏（指徐乾学——引者注）本稍 为损益，无大殊益。公未惬心，属君更正。君（指邵晋涵——引者注）出绪余为之复审，其书即大改观。时公方用兵，书寄军营，读之，公大悦服，手书报谢，谓迥 出诸家《续鉴》上也。

贻选谨按：先师为毕公复审《续鉴》，其义例详家君《代毕公论续通鉴书》，与毕氏所刻仅就徐氏增损之本迥异。闻邵氏尚有残稿，恐未全 耳。公旋薨于军，其家所刻《续鉴》，乃宾客初定之本；君之所寄，公薨后家旋籍没，不可访矣。”[81]按章学诚所说，《续资治通鉴》有二种本子，一为邵晋 涵更正寄毕沅本，后因毕沅家遭籍没而不可访，一为据宾客初定之本刊刻者；其卷数为二百卷。