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清初只在山东济宁设河道总督。1677年（丁巳年）（康熙十六年），靳辅出任总河，因总河署距黄河淮河京杭运河交汇处、河工最重要处淮安路途遥远，往返不便，为便于及时掌握水情河势，就近指挥，于是在清江浦（今江苏省淮安市清江浦区）原户部分司旧衙署设立行馆。雍正七年(1729年)，正式分设江南河道总督(简称南河总督)，驻节清江浦；以及河南、山东河道总督（东河总督），驻济宁。次年又增设直隶河道总督（北河总督），归直隶总督兼领。时南河总督辖有4道、24厅、24营，河督署规模庞大。历任河督中，政绩比较显著的有张鹏翮、徐端、黎世序等。 清初，朝廷每年拨给南河河工修防银达450万两之巨，决口漫溢时还另有支拨。同时，南河总督署官员肆意贪黩、降低工程标准，中饱私囊的情况，在当时就为舆论谴责。