1923年第1版，后于1925、1930、1934、1939、1948、1957、1974、1994年相继出版了第2至第9版，每个版本都反映了当时细菌学发展的新成就。其中第8版有美、英、德、法等14个国家的细菌学家参加了编写工作，对系统内的每一属和种都做了较详细的属性描述。近年来，由于细胞学、遗传学和分子生物学的渗透，大大促进了细菌分类学的发展，使分类系统与真正反映亲缘关系的自然体系日趋接近。第8版（1984，1986）中实质性的变化，象征着细菌分类学的发展进入新的阶段。第一，手册更名，原书名为《伯杰氏鉴定细菌学手册》（Bergey's Manual of Determinative Bacteriology），第8版由于内容增加，范围扩大，提高了手册的实用性，同时指出各类细菌间的关系，所以改名为《伯杰氏系统细菌学手册》；第二，由1卷分成4卷，这是考虑到能及时反映新进展和使用者的方便；第三，细菌在生物界的地位，8、9版间无变动，但它们的高级分类单位有很大变化（见下表），尤其嗜盐细菌和产甲烷细菌，根据胞壁分析和DNA序列分折，另列疵壁菌门，古细菌纲；第四，趋近自然体系，在各级分类单位中全面应用核酸研究；在表型特征的基础上，以DNA资料给予决定性的判断。使人为的分类体系过渡到自然体系的理想进一步付诸实现。