从待遇上看，理论上说，两者完全是不同的。工资标准/福利标准都执行不同的规定。这点在退休后的待遇就会更明显。而在实际上，很多单位因为工作需要，特别是混合使用不同编制人员的单位，往往把待遇搞成一样，以利于调动员工积极性，但这只是单位的搞法，换个领导也可以更改，或者有关领导机关要求改正也可以轻易地就改变了这种状况。如果你想调动到另一个事业单位，你的企业编制肯定就不行了。当然，事业单位也搞聘用制，是签合同的。但不管怎么说，人事局管的就是事业编制的人员及他们的待遇（包括退休）。

一项调查表明，“体制外”人才普遍压抑感强、压力大，渴望得到社会认可和尊重。放弃人事、户籍档案从某大学出走，到宁波一家国营企业任职的杨博士坦言，由于传统体制观念作怪，“体制外”员工的地位不高，相应地“体制外”人才就有压抑感。机关事业单位中“不在编”的群体，在目睹本单位的“在编人员”一个个有了自己的房子，升职或被授予重任、外派学习，虽然自己能力与之不相伯仲甚至更强，但却因为不在“体制内”而不能享受。不稳定感、漂泊感油然而生，也可能在面临着巨大的压力不乏干劲的同时，却也因缺乏可预期的上升通道而动力不足。