东南亚条约组织成立的时候，菲律宾与美国之间的关系尤为密切；而由军人主政的泰国也奉行亲美的外交政策。除此之外，两国政府均须面对国内的共产主义势力发展。泰国留意到中华人民共和国在云南省境内设立“傣族自治区”（即在1953年建立的德宏傣族景颇族自治区和西双版纳傣族自治区）和支援泰北苗族人，而老挝的共产主义组织巴特寮和北越也支持在泰国东北地区居住的部族起兵反叛。泰国面对这样的局面，并没有使用经济手段缩窄北部山区和南部地区的差距，而是寻求美国援助。于是，泰国便积极参与东约组织的活动。曾组建东南亚联盟、倡议自己的国家与马来西亚、印尼结盟的菲律宾，也希望透过参与东约组织的建立过程，树立该国的独立国形象和加强国内安全。另外，当时文莱是英国的保护国，而在1962至1963年文莱暴乱期间，英国和东约组织另外两个成员国——澳大利亚、新西兰都有派兵到文莱，协助文莱平定乱事。

其他东南亚国家不参与东南亚条约组织的原因各异：作为不结盟运动成员国的缅甸和印尼，认为保持国内社会安定更为重要，因而拒绝加入，甚至反对东南亚条约组织。印尼前总理朱安达和前副总统、外交部长阿丹·马力克都曾表示印尼不会加入东约组织。马来亚因为和英国签订了防务协议，所以得到英国协助应对马来亚共产党叛乱和马印冲突；故此马来亚（以及后来的马来西亚、新加坡）没有加入东南亚条约组织。但是，马来西亚和新加坡仍能透过英国得知东南亚条约组织的最新动态。南越（越南共和国）、柬埔寨和老挝王国由于要遵守1954年日内瓦会议的规定而没有加入，不过它们仍受到组织的军事保护。然而，柬埔寨在1956年拒绝接受东南亚条约组织的保护。

其他国家加入东约组织的原因亦不尽相同。对于澳大利亚和新西兰而言，越南共和国的架构比《太平洋安全保障条约》（ANZUS）提供的防务框架更使人满意。英国和法国都曾在东南亚建立殖民地（英国是马来亚的前宗主国、文莱的宗主国；法国曾经统治印度支那地区），也关心印度支那局势的发展，因而加入东南亚条约组织。巴基斯坦和印度交战，希望取得其他国家的支持；该国因此加入东南亚条约组织。而在冷战期间，美国把东南亚视作一个举足轻重的前沿阵地，并认为为了让该国在冷战时期实行围堵政策，东南亚条约组织是必须设立的。

东约组织成员国在1950年代初都是奉行反共主义的西方和东南亚国家，其中英国、澳大利亚和美国在东约组织中代表了西方的政治大国。在美国，参议院关于参与《东南亚集体防务条约》提案的讨论以82名参议员支持、1位参议员反对的投票结果通过了参与该条约的提案，由此美国也加入了东南亚条约组织。美国当时有意与退守台湾的中国台湾地区、菲律宾、日本、韩国，以及《马尼拉条约》、《太平洋安全保障条约》（又称《美澳新安全条约》）签约国联手，组成一个西太平洋防御体系。

加拿大和中国台湾地区本来也打算加入东约组织；前者要专心处理北约的会务，英国、法国、菲律宾、巴基斯坦则反对后者加入，最终不了了之。另外，各国代表商议条约内容，最后规定《马尼拉条约》适用范围北至北纬21度30分，因此《马尼拉条约》在香港并不适用，以免为难英国。

在东南亚条约组织成立后，由于大部分的成员国对军事事务的贡献极少，导致前者在这方面很快地就变得无足轻重。虽然组织成员国的军队会进行联合军事演习，不过组织各成员国的军队却未曾共同作战，原因是这些国家之间发生了争拗；例如东南亚条约组织就因为英国和法国的反对而未能在老挝执行军事行动，以至于无力干涉在当地发生的内战。故此，美国在1962年之后便单方面支援老挝王国。美国希望该组织能够介入越南战争，不过最后却因为英国和法国不合作而未能成事。最终，美国只能应南越政府要求，独自出兵到南越参与越战。

美国和澳大利亚加入这个组织的目的，是获得参与越战的合适理由。美国以其会籍作为对东南亚大举进行军事干涉的理由，而英国和美国在亚洲的盟国也接受了这样的理由。1962年，澳大利亚以“巩固泰国防务”为由，把皇家澳大利亚空军第79中队和属于第79中队的军刀式战斗机派驻到位于乌汶府的皇家泰国空军基地执勤，以履行它对东南亚条约组织作出的承诺。这些军刀战斗机从1965年开始便随着澳大利亚空军参与越南战争，并为以乌汶府作为基地、向北越进行轰炸的美国空军提供保护。

除了进行联合军训之外，东南亚条约组织的成员国也致力于改善社会和经济的问题。这些活动是由东南亚条约组织的资讯、文化、教育及劳工活动委员会监督，又被学者们评价为这个组织成功的政策之一。东南亚条约组织的第一位秘书长波特·沙拉辛于1959年在泰国创立了“东南亚条约组织工程学研究生学院”（SEATO Graduate School of Engineering，现名为亚洲理工学院），以培训工程师。东南亚条约组织也为位于曼谷的教师发展中心和泰国军事技术训练学校的创建提供了赞助，这些机构都为督导员和工人提供了技术计划。东南亚条约组织的熟练工人计划（Skilled Labor Project）提供了训练工匠的设施，而泰国则为很多工匠训练设施提供了落户地。在泰国成立的这些设施共有91座。

东南亚条约组织也会为有关医疗和农业的研究提供拨款。在1959年，东南亚条约组织在曼谷设立了第一家研究霍乱的实验室，其后又在孟加拉达卡设立第二家研究霍乱的实验室。位于达卡的霍乱研究实验室，很快就变成世界上其中一家先进的霍乱研究设施，后来又改名为孟加拉国际腹泻疾病研究中心（International Centre for Diarrhoeal Disease Research, Bangladesh）。东南亚条约组织也对文学产生了兴趣，还设立了东南亚条约组织文学奖，去奖励东南亚条约组织成员国的优秀作家。

早在东南亚条约组织创立之时，苏联和中国就对此表示反对。

按苏联当局编纂的文献所述，殖民地人民奋起、自由发展并不是殖民主义者乐见之事，而殖民主义者不能使亚洲、非洲等地各国争取独立、自由的当地人民放弃斗争，因此改变策略，建立东南亚条约组织等侵略集团，压迫被奴役人民，镇压民族解放运动；苏联和印度、缅甸等亚洲国家的领袖认为应该反对、谴责这种侵略集团，缔结集团不能使世界更为和平，各国人民共同努力却能。苏联外交部的声明也指出，东南亚条约组织的成立和美国要和西德联手在欧洲缔结“侵略性的军事联盟”的事是相关的。

中国也反对东南亚条约组织，中国前国务院总理周恩来认为，英、美等国想凭借反共联盟使东南亚分裂，而日内瓦会议要有所成就，就不应该使东南亚分裂的事变得有可能；他又说东南亚条约组织敌视中国，意欲分裂亚洲，插手亚洲国家的内政，使地区局势更形紧张。从而加快了“和平共处五项原则”宣言的发布速度，由此迫使其他亚洲右翼政府很难继续将中国当成一种威胁和敌人。

前美国国务卿杜勒斯曾指出为了使美国能在亚洲实行它的外交政策，东南亚条约组织是必需设立的。可是，并不是所有参与东约组织的国家都同意美国的主张，也就是以军事手段牵制共产主义势力。1954年，英国首相安东尼·艾登表示，亚洲的共产主义问题既是政治问题，也是军事问题，因此不能单靠军事手段牵制共产党人；如果要有效地使用军事手段抑制此一问题，则需要取得亚洲国家最广泛的支持。

由于法国不踊跃参与东南亚条约组织的会务，英国又宣布自1971年起从位于苏伊士运河以东的地区撤军，东约组织对共产党人的军事行动无能为力。最终，越南共产党、巴特寮和红色高棉在1975年分别推翻南越政府、老挝王国政府和柬埔寨亲美的朗诺政权。另外，东约组织所有成员国（美国除外）在1977年该组织解散时已经和中华人民共和国建交，而自1972年尼克逊访华后，美国和北京政权的关系亦有所缓和。

在1970年代，东南亚条约组织部分成员国已无意参与东约组织的会务，并退出组织：东巴基斯坦在印度的支援下，脱离巴基斯坦，建立孟加拉国后一年（1972年），巴基斯坦就退出了东南亚条约组织；而法国也在1975年决定不再为这个组织提供经济援助。东约组织其他成员国则在1975年发表公报，宣布由于局势变化的关系，东南亚条约组织即将解散，但是由该组织推行的活动和计划将以其他形式维持下去。东约组织则于1976年2月20日举行最后一次会议，并于1977年6月30日正式解散。

史学家大都认为《东南亚集体防务条约》是一份失败的条约，在历史书里也甚少提及到这份条约。英国外交官、海军战略家詹姆士·凯布尔爵士便曾在《1954年日内瓦会议的印度支那议题》一文中形容这个组织是“一片遮羞布”，又认为它的存在只是为了掩饰美国赤裸裸的亚洲政策。他又把《东南亚集体防务条约》比喻成一个饲养纸老虎的动物园。